Matej Avbelj je redni profesor za evropsko pravo na Novi univerzi, kjer predava predmete s področja teorije in prava EU ter ustavnega prava na Fakulteti za državne in evropske študije in na Evropski pravni fakulteti. Kot znanstveni svetnik je tesno vpet v raziskovalno delo Nove univerze.
Leta 2004 je kot Hauser Global Scholar magistriral na New York University School of Law. Vse odtlej je akademsko in raziskovalno aktiven v mednarodnem univerzitetnem okolju. Po pripravništvu v Evropskem parlamentu je leta 2009 doktoriral na European University Institute v Firencah. Redno sodeluje na mednarodnih konferencah v tujini in je pogosto vabljeni predavatelj na uglednih evropskih in ameriških univerzah.